祁姓来源主要有三支：祁姓、伊祁氏、姬姓。

第一支出自祁姓。相传黄帝共有二十五子，得姓者一十四人为一十二姓：姬、酉、祁、己、滕、箴（葴、蒧）、任、苟（拘）、僖（釐）、姑、儇（嬛）、依（衣）。祁姓为第三，之后以姓为氏。

第二支源自伊祁氏。少昊金天氏之后，帝尧为伊祁氏。帝尧之裔刘累为夏朝御龙氏，其孙在商时徙封为豕韦氏，周武王时封为唐氏，周成王时徙杜城，故地在今陕西长安东南，为杜氏。杜伯为周宣王大夫，无罪被杀，其子隰叔奔晋，其后有祁氏，与士氏同族。此伊祁氏之祁氏的历史有2600年。

第三支来自姬姓。春秋时晋献公四世孙奚为晋大夫，食邑于祁，故地在今山西祁县东，遂以邑名为氏。姬姓祁氏的历史有2500年。